你提出的这个问题应根据我国《民法典》去分析解决。

我国《民法典》中规定的居住权是指居住权人有权按照合同约定，对他人的住宅享有占有、使用的用益物权，以满足生活居住的需要。设立居住权，当事人应当采用书面形式订立居住权合同。

居住权合同一般包括下列条款：

(一)当事人的姓名或者名称和住所;

(二)住宅的位置;

(三)居住的条件和要求;

(四)居住权期限;

(五)解决争议的方法。

我认为，一是，甲乙双方有合同，就要按合同要求去处理，用合同第5条中的＂解决争议方法”去协商解决。

二是，既然甲方卖给了乙方居住宅院的居住权，又把棺材放到屋里，乙方在交接宅院的时候就应该提出异议，如果当时不说，等于默认同意。

三是，甲方己搬到城里去住了，那么肯定还有些搬不走的物品，对这些物品怎么处理？合同中应该有约定，如果有＂搬不走的物品可留在家中”约定的话，这事就不违背合同。

不管怎么说，棺材不同于一般家具物品，让人看见就不舒服，胆小的见了会毛骨悚然，天天屋里放着装死人的物件叫谁住这样的房子也不愿意。从情理上说，甲方把棺材搬进屋里，虽然你对住宅还有所有权，但已经失去了居住权，应该考虑乙方的感受，这种做法是不合适的。

这是我的看法，愿甲乙双方好好协商，既要按合同又要讲人情，协商一个甲乙双方都满意的处理办法。

这是一个道德问题而不是一个法律问题，谈不上合法不合法。

按照题主的说法，甲方对房屋有居住权，其实就是对房屋的临时占有使用权，现在甲搬到城里去居住了，说明甲还有房屋可以居住。那么，对农村这所房屋还有没有居住权？这还需要法律的进一步解释。

由于《民法典》刚刚开始施行，居住权又是新的规范，居住权在实务中存在着千差万别的情况，仅靠几个条文很难把握如何适用，及待相关的配套司法解释出台予以规范。

像题目中的这种情况，与居住权的立法本意是否相符？当事人通过合同约定了居住权，但约定又不行使这个权力。如果此时乙方需要居住，法院怎么适用法律，这在实务中需进一步探讨。

题目中说甲有居住权，后又把棺材放在院子里，这可能是风俗习惯引发的不适，且这个风俗习惯不是公序良俗，是封建迷信理念，法律不是万能的，不会对这种行为去进行规范。

记得当年盛行土葬，村子里的许多老人将棺材就停放在家里、南房或院子里，似乎也没有引发什么纠纷，各地风俗习惯不一样，建议你通过当地政府，村民委员会去妥善解决上述问题。

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合法不合法要看合同约定。就你所言，甲方把房屋及宅院卖给你了，现已搬离，但把棺材放在院子里。看似不妥，但想一老者，棺材都准备好了，见天的少，见地的多了，况且有住到死的契约，应行方便了。我们这里有这样一个民约：房东租房给人家，给死不给生。