宅基地使用权是合法的，但房屋被认定为违建，这个说法让人不得要领。我们都知道，农村建房最主要的手续就是申请宅基地使用权，只要依法获得了宅基地使用权，一般不会出现被认定为违建的现象。不明白的是，题主所说的认定违建，是哪个部门认定的，依据什么认定的？这个认定，是否有法律效力？

我们知道，违章建筑应该无偿拆除，不会获得任何补偿。即使在拆迁中，补偿也只是对于有合法手续的房屋给予补偿。违章建筑既然不合法，自然不应该获得补偿。但是，该标题又明确指出，宅基地使用权是合法的，那么，个人认为，不管房屋建设是否存在违章现象，这个房屋遇到拆迁，应该给予一定的补偿，起码按审批的面积给予补偿。

宅基地使用权合法，而房屋建设出现违章，通常情况下可能是存在少批多建的情况。也就是说，房主在建房时，超过了依法审批的宅基地面积进行建房。农村建房，在获得宅基地使用权后，一般要经过乡镇的村镇建设办公室进行放线监督，严格按照划线进行建设，不得超出审批的面积，也不得挪动地方，必须严格按照放线进行建设。如果超过划线范围进行建设，出现少批多建的现象，那么，多建的部分属于违章，应该拆除多建部分，并且是无偿拆除。这种情况下，如果遇到拆迁，应该按照宅基地审批的面积给予补偿，多建的部分不应该获得补偿。

农村获得宅基地使用权后建房，如果被认定为违章，还有一种可能，就是易地而建，就是没有按照审批的具体位置，重新选择了宅基地进行建设。如果是这样，实际上是放弃了自己申请的宅基地，而违章占用了其他宅基地。这种情况下，原申请的宅基地因为没有建房，可能被村集体收回，而违法占用的宅基地，属于未批而建，自然是严重的违章。这种违章，就是实体性违章，属于无偿拆除的范围，遇到拆迁，这样的房屋不应该获得任何补偿。

所以，就本题来说，要想有个准确的答案，必须搞清为什么会被认定为违章建筑，如果是轻微违章，整改后还是属于合法建筑的。由于我们不明白具体原因，所以无法给出准确的答案。

作为曾经的农村拆迁“操刀”者和农村违建整治工作参与者，特来回答，以供参考。

第一，若是已认定为性质严重的违建，获得拆迁补偿的可能性微乎其微。

那么，什么是性质严重的违建的？首先是看宅基地是否合法，宅基地要合法，第一看是否有审批手续（老宅基地改建也需重新审批），第二要看在修建时超占宅基地面积没有，批少建多，批甲建乙，也是严重的违建行为。

若的确是宅基地合法，不存在无手续及乱占超占的问题，就是修建的房屋是否超审批面积（房屋修建也需审批，对建筑层数、面积等都有要求）。

就农村的实际来说，房屋被认定为违建的情况主要有二，即未批先建（没有审批手续）、批后乱建（含 批少建多，批甲建乙）。

而且，随着对农村违建整治的深入以及对农村拆迁的规范，是严重违建的很难获得拆迁补偿（笔者当地十年前整治后，很少再有顶风违建以希望获得拆迁补偿的，因为都是搬起石头砸了自己的脚，做了亏本生意）。

第二，若是因历史原因形成的违建，有可能会获得针对房屋建安成本的部分补偿。

这种情况就是房屋绝不能是新近修建的，最好是已修建了10年以上，且能提供相应的证明材料，即排除抢搭抢建行为。这种情况下，才有可能获得针对房屋建安成本的部分补偿（笔者当地的操作是以合法房屋为标准进行打折，且不这类房屋不进行住房安置）。

违章建筑物能否获得补偿，这个主要还是根据建筑物的建成时间来认定。

政府征迁部门会根据航拍图来认定房屋建成时间。实践中，某个时间段以前建成的，虽然属于无产权房屋，但也会按照100%的比例补偿。某个时间段建成的，按照80%的比例补偿。某个时间段后面建成的，一律不予补偿。

总体来说，这样处理还是比较合理。若是按照违章建筑一律不予补偿，那现实的征迁工作难度就相当的的，矛盾纠纷也将会愈加激烈。我们根据建筑物的建成时间予以不同的补偿方案，也能保障被拆迁人的利益。另外，除了建筑物补偿因为以，我们还有涉及搬迁奖励，搬迁补助，过渡安置等等补偿项目。虽然建筑物是违章建筑，但如果有居住使用，只要配合政府搬迁工作，一般也能获得搬迁奖励、补助、过渡费等补偿费用。

持刀抢劫被认定为违法，但是持刀不认定为违法。法院会审判你坐牢么？会给你补偿么？