1、土地性质不同：宅基地是集体土地性质，宅基地确权是在农村集体土地上农民的宅基地进行确权，房屋产权确权是拥有买卖权的国有土地性质上的房屋进行的确权。

2、土地的获取方式不同：农村宅基地土地直接按户分配，农村村民一个户口本只能拥有一处宅基地，出卖和出租的不能拥有第二处宅基地，房屋产权确权的土地是通过国家公开拍卖拿到的，所以必须交钱。

3、土地的发证机关也不一样：宅基地确权的证件由乡镇土地管理部门确认，房屋产权确权的房产证的地至少县级及其以上的国家土地局来核发的。

4、所有人的权利不同：宅基地的使用权归农民，所有权归集体经济组织所有即国家所有。而房屋产权是购房者通过交易，取得房屋的合法所有权，可依法对所购房屋行使占有、使用、收益和处分的权利的证件。