问题表述的不是很清楚，只能凭揣摩大意作出回答。

从表述看，应该是甲乙双方签订了房屋买卖协议，甲是买方，乙是卖方，买卖已成交，房款已交付，但在办理过户手续时双方发生纠纷，甲方要求继续履行合同将房屋登记在自己名下，乙方不同意认为房屋所有权未转移，仍属于自己。双方协商不成，诉至法院，经人民法院审判，判决房屋归甲方所有。你的问题是，不动产管理局能否直接将房屋登记在甲方名下。

我们可以说，从目前的实务中看，不动产管理局是不会直接将房屋登记在甲方名下的。对于权属有争议的房屋买卖，在人民法院判决后，胜诉的一方要想将房屋登记在自己名下，还需要向人民法院申请执行，由人民法院配合办理相关的执行登记手续，并向不动产管理部门提供相关登记材料，才能把已判决的房屋登记在自己名下。

具体办理时，请咨询当地相关人士。

你这个问题叙述的实在太不清晰了，无法解答！

根据法院的判决申请强制执行就可以了，法院会向不动产登记中心发出协助执行的通知的。