合同约定离职需要赔偿是合理的，银行给你培训是需要花费用的，根据这样的约定，合同是有效的，对双方都有一个约束力。但是赔偿6000元我认为不合理，《劳动合同法》第22条规定：用人单位为劳动者提供专项培训费用，对其进行专业技术培训的，可以与劳动者订立协议，约定服务期。劳动者违反服务期约定的，应按约定向用人单位支付违约金。违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用。用人单位要求劳动者支付的违约金不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费。

违约金不能超过培训费用，如果费用只有3000元，违约金不能超过3000元，并且还需要分摊为履行合同期的金额。所以劳动合同这样约定的可以申请劳动仲裁离职，这样赔付金额应该要属于约定的6000元。并且工作期间的工资以及奖金和保险如果用人单位没有发放完和缴纳齐，劳动者是有权利索要的。